近日，我院水产种质资源与遗传育种实验室首次公开了瓦氏黄颡鱼高质量基因组精细图谱并揭示了该鱼环境适应性机制和群体遗传结构。相关研究成果以“A high-quality chromosome-level genome assembly of Pelteobagrus vachelli provides insights into its environmental adaptation and population history”为题发表在学术期刊《Frontiers in Genetics》上 。我院博士研究生李杰为论文的第一作者，王涛副教授和尹绍武教授为通讯作者。

图1 瓦氏黄颡鱼基因组精细图谱

瓦氏黄颡鱼是中国特色经济鱼类，具有味鲜美，营养丰富和无肌间刺等优点。近年来，由于捕捞野生亲本制种和近亲繁殖等原因，该鱼种质资源退化，亟需进行良种选育，而高质量的基因组资源是良种育种的重要工具。本研究结合二代测序、三代测序和HiC技术，首次构建了染色体水平瓦氏黄颡鱼基因组，该基因组共662.13 Mb，包含26条染色体，contig N50 = 14.02 Mb，在已公布鱼类基因组中属于排在前列的高质量基因组。群体进化结果显示MAPK，PI3K-Akt和Apelin信号通路在瓦氏黄颡鱼环境适应性进化中发了挥重要作用，并挖掘了5个环境适应性候选基因（HDAC5，PLC-β，c-fos，DDIT4和HSP90α）。此外，对四川长江段（长江上游）、湖北长江段（长江中游）和江苏长江段（长江下游）瓦氏黄颡鱼群体遗传结构分析显示，江苏群体遗传结构与四川和湖北群体混杂，暗示人工干预已影响了长江上、中、下游瓦氏黄颡鱼的种群分布。本研究结果为瓦氏黄颡鱼遗传育种提供了可靠的基因资源，同时为瓦氏黄颡鱼的保护和环境适应机制研究提供了基础资料。

图2 瓦氏黄颡鱼种群历史动态和遗传结构分析

该研究得到了江苏省种业振兴揭榜挂帅项目[JBGS(2021)034]和江苏省农业重大新品种创制（PZCZ201742）等项目的资助。